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除了蝙蝠之外,科学家也要重视中间宿主的作用。尽管蝙蝠可能是这种病毒的宿主,但它们与人类之间普遍的生态隔离使得其他哺乳动物作为“中间宿主”或“放大宿主”成为可能。在中间宿主中,新冠病毒能够获得部分或全部有效的人类传播所需的突变。在SARS和MERS事件中,果子狸和骆驼分别扮演这样的角色。

霍尔姆斯为这篇文章的通讯作者。官网简历显示,他擅长研究传染病的进化和出现,特别是RNA病毒跨越物种界限在人类和其他动物中出现的机制。他同时也是中国疾控中心的客座教授,以及复旦大学的名誉客座教授。值得一提的是,张永振和霍尔姆斯长期保持着学术合作,其合作团队在《自然》等学术期刊上发表多项成果。他们两人在多年前还到访过这场疫情的假设起源地之一——武汉华南海鲜市场。

作者们还推测,COVID-19病例数和病死率的任何下降更可能是由于人群免疫力的提高,而不是病毒的突变。

作者们认为,这些插入事件反映了正在进行的冠状病毒的自然进化。虽然RmYN02在S蛋白上与新冠病毒有相当大的差异(序列相似性大约72%),但在最长编码基因去1ab上亲缘关系最接近(核苷酸序列相似性大约97%)。

作者们在2020年1月5日获得一个完整的病毒基因组。初步分析表明,该病毒与SARS样病毒(冠状病毒科)密切相关。他们立即将这一结果报告给了相关部门,并在同一天向NCBI/GenBank提交了基因组序列(Wuhan-Hu-1毒株)。随后,在爱丁堡大学Andrew Rambaut博士的帮助下,作者们于2020年1月11日在开放获取病毒学网站(http:// virological.org/)上公布了该病毒的基因组序列。随后,中国疾控中心在公众访问GISAID数据库(https://www.gisaid.org/)发布了新冠病毒基因组序列,以及相关的流行病学数据。

张永振等人表示,虽然这再次表明,华南海鲜市场在病毒出现中发挥了重要作用,但很难明确这些环境样本中的病毒来自该市场的动物还是当时已在无意中传播的人。“不幸的是,随着市场的关闭,目前明显缺乏直接的动物样本,这可能意味着很难、甚至不可能准确地识别出任何动物宿主。”

作者们最后总结道,目前,已有四种地方性的冠状病毒株在人群中流行,即229E、HKU1、NL63、OC43。“新冠病毒似乎不可避免地将成为人类中第五种地方性冠状病毒,并且目前正在一个完全易感人群中传播。”所谓的地方性疾病,指的是局限于某些特定地区内相对稳定,并长期性经常发生的疾病。

具体来说,这种新型病毒在人群中出现的时间可能比设想的更早,甚至不一定是最早出现在武汉,但由于无症状感染现象而未被检测到。病毒在人传人过程中逐步演化出了关键突变,可能包括上述的RBD和福林酶切位点插入,从而变得完全适应于人类。“直到发生了更多的肺炎病例,我们才能够通过常规监测系统发现COVID-19。”

作者们写道:由此得出的简单推论是,我们对蝙蝠病毒采样的时候对某些地理位置有强烈的偏见。这需要在今后的研究中加以纠正。

这种插入可能增加病毒的传染性,但在其他相关的β冠状病毒并不存在。类似的多碱基插入在其他人类冠状病毒中存在,包括HCoV-HKU1,以及在禽流感病毒的高致病性毒株中也存在。